nsu_mikolokolov_202604.pdf

• Колоколов Михаил Игоревич, студент Физического факультета НГУ (кафедра химической и биологической физики, 2-й курс магистратуры на момент выполнения работы), МТЦ СО РАН
• Крумкачева Олеся Анатольевна, к.ф.-м.н., с.н.с. МТЦ СО РАН, доцент НГУ. Научный руководитель.
• Федин Матвей Владимирович, д.ф.-м.н., профессор РАН, зав. лабораторией ЭПР МТЦ СО РАН, профессор НГУ.

В рамках работы были проведены молекулярное моделирование и молекулярная динамика комплексов человеческого сывороточного альбумина (HSA) с порфириновыми фотосенсибилизаторами, применяемыми в фотодинамической терапии. Разработан новый подход к определению сайтов связывания белок–лиганд, объединяющий слепой молекулярный докинг с ускорением на GPU и дипольную ЭПР-спектроскопию. Вычислительные ресурсы комплекса ИВЦ НГУ использовались для расчетов квантовой химии порфиринов (ORCA). Полученные результаты легли в основу статьи, опубликованной в журнале Journal of the American Chemical Society (JACS).

Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда (проект №22-73-10176, в части синтеза порфиринов) и Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.

• Kolokolov M., Sannikova N., Dementev S., Podarov R., Zhdanova K., Bragina N., Chubarov A., Fedin M., Krumkacheva O. Enhanced Binding Site Identification in Protein–Ligand Complexes with a Combined Blind Docking and Dipolar Electron Paramagnetic Resonance Approach. Journal of the American Chemical Society (2025). DOI: 10.1021/jacs.5c01274. Импакт-фактор: 14.4 (JCR 2024). Статья отмечена как Editors' Choice.