icg_manuriddinov_202609.pdf

• Нуридинов Мирослав Абдурахимович, канд. биол. наук м.н.с. ИциГ СО РАН

Была проведена сборка и аннотация геномов полёвок видов Microtus arvalis и Alexandromys oeconomus. Качество полученных сборок было проверенно по стандартному протоколу программой BUSCO, в качестве референса были выбрана база генов грызунообразных (параметр -l glires ). Результаты проверки показывают сохранение более 98% генов для обоих видов, что указывает на высокое качество полученных сборок.

В соответствии с планом работ, была полученные геномы были аннотированы с помощь программы RepeateMasker версии 4.1.7-p1, входящей в конвейер программ RepeatModeller, по базе повторов Dfam 3.8.1 В обоих видах ~37% генома покрывают различные повторяющиеся элементы, из которых наибольшую долю составляют SINE и LTR (~14%). Межвидовые различия в представленности разных групп повторов минорны. В результате поиска эволюционно консервативных элементов в геномах полёвок исследуемых видов и M. musculus была выявлено 400-430 синтенных блоков со средней длиной ~4.5-5.5 млн п.о. и медианной длиной ~1.3 млн. п.о. При сравнении Mс. arvalis и A. oeconomus выделено ~200-220 блоков синтении средней длиной около 9-10 млн. п.о. и медианной длиной от 3 до 4.5 млн. п.о. Данные различия отражают эволюционную близость Mс. arvalis и A. oeconomus и их общую равную удалённость от M. musculus.

Далее был проведен анализ сходства профилей экспрессии между разными особями одного вида на разрешении 1 тысяча пар оснований. Для всех трёх особей Mс. arvalis. коэффициент корреляции экспрессии составил от 0.88 до 0.99 (p < 0.05), что указывает на небольшую изменчивость между особями в профиле экспрессии генов и возможность их совместного использования в эволюционном анализе. В тоже время, для A. oeconomus коэффициент корреляции между двумя биологическими репликами составил всего 0.61. (p < 0.05). Таким образом эволюционной сравнение взаимосвязи профилей экспрессии и пространственной организации хроматина оказывается под большим влиянием изменчивости между особями A. oeconomus.

Результаты РНК-секвенирования были объединены и проанализированы с помощью программы StringTie (версии 2.2.3), что позволило аннотировать более 20 тысяч транскриптов печени полёвок видов A. oeconomus (22 804) и Mс. arvalis (26 545).

• Грант РНФ №24-24-00321, «Эволюция пространственной организации хроматина на субТАДовом уровне у млекопитающих», руководитель к.б.н. Нуриддинов Мирослав Абдурахимович