nsu_icbfm_avpopov_202006.pdf

Работа поддержана грантом РНФ 18-74-00052 «Использование молекулярной динамики для предсказания функциональности встречающихся в раковых опухолях вариантов белков, отвечающих за устойчивость к химиотерапии» (2018–2020 гг.), руководитель – Попов Александр Викторович.

• Попов Александр Викторович, к. б. н., м. н. с. ИХБФМ СО РАН, м. н. с. НГУ; руководитель проекта, программист, исследователь.
• Жарков Дмитрий Олегович, чл.-корр. РАН, д. б. н., зав. лабораторией белковой инженерии НГУ; консультант.
• Юдкина Анна Владимировна, ст. лаб. ИХБФМ СО РАН, ст. лаб.НГУ; исследователь.

В рамках работы выполнялось моделирование структур мутантных вариантов двух белков системы эксцизионной репарации оснований ДНК – 8-оксогуанин-ДНК-гликозилазы OGG1 и урацил-ДНК-гликозилазы UNG – методом молекулярной динамики (МД), который до сих пор крайне редко использовался для предсказания эффекта мутаций. Проведено исследование влияния мутаций, встречающихся в клинических образцах в генах OGG1 и UNG, на конформацию активного центра этих белков. Для автоматизации молекулярно-динамического исследования создан конвейер задач от получения списка соматических мутаций и случайного выбора из него до итогового моделирования и анализа полученных траекторий.

• Popov A.V., Endutkin A.V., Yatsenko D.D., Yudkina A.V., Barmatov A.E., Makasheva K.A., Raspopova D.Y., Diatlova E.A., Zharkov D.O. Molecular dynamics approach to identification of new OGG1 cancer-associated somatic variants with impaired activity. Статья на ревизии после рецензирования в журнале J. Biol. Chem. (JCR IF = 4.106)