Вычислительные узлы кластера имеют процессоры другой архитектуры, чем у интерфейсного сервера. Поэтому для эффективной оптимизации кода при компиляции необходимо компилировать на узлах того типа, где позже будет запускаться эта программа. Кроме того, как правило компиляция достаточно сильно нагружает процессор, поэтому может быть автоматически прервана, как описано выше. Поэтому компилировать программы необходимо на узлах, указав необходимые команды в скрипте для qsub или используя интерактивный режим запуска задач, описанный на
странице, посвящённой работе с PBS.