"Поиск и описание хромосомных перестроек в хромосоме 1А большой синицы (Parus major)". Светлана Юрьевна Козырева, бакалавриат НГУ, 27.6.2023
Состав коллектива
- Фишман Вениамин Семёнович, к. б. н., в. н. с., зав. сектора геномных механизмов онтогенеза ИЦИГ СО РАН, руководитель
- Торгашева Анна Александровна, к. б. н., с. н. с., зав. лаборатории рекомбинационного и сегрегационного анализа, руководитель
- Козырева Светлана Юрьевна, лаборант ИЦИГ СО РАН, студентка ФЕН НГУ, 4 курс, группа 19410, исполнитель
Аннотация
С использованием данных Hi-C-секвенирования синиц с комплексной хромосомной перестройкой и синиц дикого типа, были получены Hi-C-карты контактов хроматина, с помощью которых были с определены границы инверсии в перестройке с точностью до 1000 п. о. Был разработан алгоритм поиска дополнительных последовательностей, отсутствующих в референсном геноме, с использованием данных секвенирования для исследуемого образца и дикого типа. С использованием предложенного алгоритма обнаружены отсутствующие в референсном геноме синицы высокоповторённые последовательности ДНК, суммарная длина которых составляет около 3 миллионов пар оснований в геноме животных дикого типа и около 14 миллионов пар оснований в геноме животных с комплексной хромосомной перестройкой.