icg_manuriddinov_202009.pdf

Работа поддержана грантами:

• РФФИ, №17-00-00147, Реконструкция хромосомной организации геномов млекопитающих и новый взгляд на хромосомную эволюцию, 2017-2020, руководитель — Ларкин Денис Михайлович.
• РФФИ, №19-04-00840, Исследование роли конденсинов в поддержании трехмерной архитектуры интерфазного ядра плюрипотентных клеток, 2019-2022, руководитель — Юнусова Анастасия Маратовна.
• РНФ, №19-74-20075, Топологически-ассоциированные домены хроматина и А/В компартменты в геноме курицы: идентификация и визуализация с помощью технологии HiC и микроскопии сверхвысокого разрешения, 2019-2022, руководитель — Красикова Алла Валерьевна

• Нуридинов Мирослав Абдурахимович, аспирант, м.н.с., Институт Цитологии и Генетики СО РАН
• Фишман Вениамин Сергеевич, канд. биол. наук, в.н.с. Институт Цитологии и Генетики СО РАН

С помощью разработанного ПО С-InterSecture было проведено сравнение архитектуры хроматина разных таксономических групп на уровне отдельных пространственных контактов. Исследование показало, что консервативность контактов наблюдается как между разными представителями позвоночных (Homo sapiens, Mus musculus и Gallus gallus), так и между комарами рода Anopheles. Во всех случаях, большая консервативность наблюдается для наиболее сильных и наиболее слабых контактов, что соответствует представлениям о механизмах формирования пространственной организации хроматина. В тоже время, не подтвердилось предположение о консервативности измеряемых в ходе эксперимента частот контактов. Показано, что эволюционной консервативностью обладают относительные величины контактов, учитывающие расстояние между целевыми локусами и распределение частот контактов для данного расстояния.

• Veniamin Fishman, Nariman Battulin, Miroslav Nuriddinov, Antonina Maslova, Anna Zlotina, Anton Strunov, Darya Chervyakova, Alexey Korablev, Oleg Serov, Alla Krasikova. 3D organization of chicken genome demonstrates evolutionary conservation of topologically associated domains and highlights unique architecture of erythrocytes’ chromatin// Nucleic Acids Research. – 2019. – V. – 47. – I. 2. – P. 648–665. https://doi.org/10.1093/nar/gky1103
• Miroslav Nuriddinov, Veniamin Fishman. C-InterSecture—a computational tool for interspecies comparison of genome architecture// Bioinformatics. – 2019. – V. 35. – I. 23. – P. 4912–4921. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz415
• Varvara Lukyanchikova, Miroslav Nuriddinov, Polina Belokopytova, Jiangtao Liang, Maarten J.M.F. Reijnders, Livio Ruzzante, Robert M. Waterhouse, Zhijian Tu, Igor V. Sharakhov, Veniamin Fishman. Anopheles mosquitoes revealed new principles of 3D genome organization in insects // bioRxiv – 2020. – 2020.05.26.114017. https://doi.org/10.1101/2020.05.26.114017