"Молекулярно-динамическое моделирование ДНК дуплекса с присоединенными тритильными радикалами". Евгений Дмитриевич Кадцын, специалитет ФЕН НГУ, 1.10.2017
Аннотация
'С помощью полноатомной классичесской молекулярной динамики исследовалось влияние тритильных спиновых меток на конформационную динамику ДНК-дуплекса. Параметризация системы проводилась в пакете Amber, основное моделирование в пакете Gromacs 4.6. Исследовалась зависимость от времени расстояний между центрами радикалов и между концевыми пар оснований. На основе данных зависимостей были выделены три характерных типа конформаций системы. Из сравнения зависимостей для дуплекса с присоединенными радикалами и дуплекса без радикалов был сделан вывод, что наличие радикалов не оказывает принципиального влияния на конформационную динамику системы.'
Состав коллектива
- Кадцын Евгений Дмитриевич, специалитет ФЕН НГУ
- Зеликман Максим Валентинович, аспирант ФФ НГУ, инженер лаб. МДС ИХКГ СО РАН
- Аникеенко Алексей Владимирович, н.с. лаб МДС ИХКГ СО РАН, к.ф.-м.н.
- Медведев Николай Николаевич, доцент каферды ХиБФ ФФ НГУ, зав. лаб. МДС ИХКГ СО РАН, д.ф.-м.н., с.н.с.
Публикации
- Kadtsyn, E. D., Anikeenko, A. V., & Medvedev, N. N. (2016). Molecular dynamics simulation of a DNA duplex labeled with triarylmethyl spin radicals. Journal of Molecular Liquids, 221, 489-496.