bionet_asryzhkova_202304.pdf

• Баттулин Нариман Рашитович, к.б.н., ИЦиГ СО РАН, заведующий лабораторией генетики развития, НГУ, преподаватель. Руководитель
• Рыжкова Анастасия Сергеевна, м.н.с., ИЦиГ СО РАН. Исполнитель

Гены локуса - Pdgfra, Kit и Kdr являются важными регуляторами развития, а нарушения их активности у человека связано с развитием ряда онкологических заболеваний. С помощью системы CRISPR/Cas9 были созданы несколько линий мышей, несущих различные делеции в локусе. Анализ последствий этих модификаций - на организменном уровне (анализ фенотипа), на уровне изменений пространственных контактов хроматина (capture Hi-C), а также на уровне активности генов (RNA-seq), позволил продемонстрировать тканеспецифичную роль 3D структуры генома в регуляции транскрипции генов локуса Kit.

• Грант РФФИ № 18-29-07022 «Исследование роли пространственной организации генома в регуляции активности генов на примере локуса Pdgfra/Kit/Kdr, с использованием системы редактирования генома CRISPR/Cas9», руководитель – Баттулин Нариман Рашитович, 2018-2022

• Evelyn Kabirova, Anastasiya Ryzhkova, Varvara Lukyanchikova, Anna Khabarova, Alexey Korablev, Tatyana Shnaider, Miroslav Nuriddinov, Polina Belokopytova, Galina Kontsevaya, Irina Serova, Nariman Battulin TAD border deletion at the Kit locus causes tissue-specific ectopic activation of a neighboring gene. bioRxiv 2022.12.29.522177; DOI: 10.1101/2022.12.29.522177 (проходит рецензирование в Nature Communications)
• Kabirova E., Lukyanchikova V., Ryzhkova A., Khabarova A. 3D organization of the genome tissue-specifically regulates activity of the development genes Pdgfra, Kit, Kdr in mouse. Международная конференция: 29th International Student Congress Of (bio)Medical Sciences, 8-10 июня 2022, Гронинген, Нидерланды
• Kabirova E., Lukyanchikova V., Ryzhkova A., Khabarova A., Battulin N. Influence of TADs boundary disruption on 3D genome organisation and genes expression at the mouse Pdgfra/Kit/Kdr locus. Международная конференция: BGRS/SB-2022, 4-8 июля 2022, Новосибирск, Россия