"Моделирование фермент-субстратных комплексов терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы человека и мутантных форм". Тимофей Евгеньевич Тюгашев, ИХБФМ СО РАН, 31.5.2025
Состав коллектива
- Кузнецова Александра Александровна, к.х.н., с.н.с., ИХБФМ СО РАН, руководитель;
- Тюгашев Тимофей Евгеньевич, в. инж., ИХБФМ СО РАН, исполнитель.
Аннотация
С помощью молекулярно-динамического моделирования в программном пакете GROMACS проведено исследование терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы человека дикого типа и ряда мутантных форм, предположительно обладающих измененной субстратной специфичностью: D395E, D395N, D395Q, D395K, E456Q, E456N, D395N+E456N, D395Q+E456N, D395K+E456Q. Результаты моделирования позволили предложить объяснение известной селективности фермента и получить мутантные формы, отличающиеся измененной селективностью по присоединяемым дНТФ.
Финансовая поддержка
Грант РНФ №21-64-00017 «Модификация нуклеиновых кислот и репарация ДНК как источник новых инструментов управления геномами», Кузнецов Н.А. 2021-2024
Публикации
- E. O. Ukladov, T. E. Tyugashev, and N. A. Kuznetsov, ‘Computational Modeling Study of the Molecular Basis of dNTP Selectivity in Human Terminal Deoxynucleotidyltransferase’, Biomolecules, vol. 14, no. 8, p. 961, Aug. 2024, DOI: 10.3390/biom14080961 IF: 4,8.
- A. A. Kuznetsova, T. E. Tyugashev, I. V. Alekseeva, N. A. Timofeyeva, O. S. Fedorova, and N. A. Kuznetsov, ‘Insight into the mechanism of DNA synthesis by human terminal deoxynucleotidyltransferase’, Life Sci Alliance, vol. 5, no. 12, p. e202201428, Dec. 2022, DOI: 10.26508/lsa.202201428 IF: 3,3.