nsu_sykarmanov_202606.pdf

• Карманов Сергей Юрьевич — магистрант, факультет естественных наук (ФЕН) НГУ; лаборатория искусственного интеллекта и больших геномных данных, ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН».
• Деменков Павел Сергеевич — научный руководитель, кандидат технических наук, научный сотрудник, ИЦиГ СО РАН.

Разработан и оценён метод верификации предсказаний классификационных номеров ферментов (EC) с помощью оперонного контекста. Поверх предсказаний двух моделей глубокого обучения — ProteInfer и CLEAN — применяется оперонный фильтр: предсказанный EC-номер принимается, если он функционально согласуется с генами-соседями по оперону (общий метаболический путь KEGG либо совпадение EC-номера). На основе данных ODB, NCBI RefSeq, UniProt и KEGG построен оценочный набор из 51890 белков (30977 оперонов, 2095 организмов); стратификация по гомологии к обучающей выборке выполнена с помощью MMseqs2. Показано, что оперонный фильтр поверх ProteInfer (порог τ = 0,90) повышает F1 macro до ≈ 0,887 при покрытии 0,716, причём наибольший прирост достигается в страте низкой гомологии.

• Выпускная квалификационная работа магистра «Предсказание EC-номера фермента на основе методов искусственного интеллекта с учётом оперонной структуры геномов прокариот» (защищена 11.06.2026), НГУ.