nsu_bionet_psbelokopytova_202308.pdf

• Белокопытова Полина Станиславовна, ИЦиГ СО РАН, аспирант НГУ
• Фишман Вениамин Семенович, ИЦиГ СО РАН, НГУ, к.б.н.
• Валеев Эмиль Салаватович, студент НГУ, Институт Медицины и Психологии им. Зельмана (ИМПЗ)

В последнее время было проведено множество исследований, в которых показали, что хромосомные перестройки, влияющие на пространственную организацию хроматина, могут служить причиной изменения экспрессии генов и различных патологий. Кроме того, было разработано несколько алгоритмов, способных предсказывать трёхмерную организацию хроматина в норме и при различных мутациях. Такие инструменты особенно актуальны для исследования хромосомных патологий в клинических случаях, однако существует проблема с выбором наиболее подходящего алгоритма для поставленных задач. Для этой цели нами был собран и единообразно обработан большой набор сHi-C данных для нормальных и перестроенных геномов, включающий 49 различных случаев хромосомных перестроек. Такой набор данных может служить референсом для сравнения алгоритмов между собой. Для того чтобы было удобно сравнивать алгоритмы между собой, нами была разработана вычислительная платформа 3DGenBench.

• Belokopytova P, Fishman V. Predicting Genome Architecture: Challenges and Solutions. Front Genet. 2021 Jan 22;11:617202. DOI: 10.3389/fgene.2020.617202 PMID: 33552135; PMCID: PMC7862721.
• Belokopytova, P., Viesná, E., Chiliński, M., Qi, Y., Salari, H., di Stefano, M., Esposito, A., Conte, M., Chiariello, A. M., Teif, V. B., Plewczynski, D., Zhang, B., Jost, D., & Fishman, V. (2022). 3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics. Nucleic Acids Research, 50(W1), W4–W12. DOI: 10.1093/nar/gkac396