"Разработка модели для предсказания пространственных контактов хроматина на основе эпигенетических характеристик геномов мыши и человека на основе методов машинного обучения". Полина Станиславовна Белокопытова, магистратура НГУ, 27.6.2019
Состав коллектива
- Фишман Вениамин Семенович, ИЦиГ СО РАН, НГУ, кбн
- Белокопытова Полина Станиславовна, ИЦиГ СО РАН, НГУ
- Нуриддинов Мирослав Абдурахимович, ИЦиГ СО РАН
- Можейко Евгений Александрович, ИЦиГ СО РАН
Аннотация
Тема предсказания трехмерной архитектуры генома на основе эпигенетических, физических и нуклеотидных характеристик генома сейчас является очень актуальной. В ряде работ показано, что наблюдаемые при хромосомных перестройках изменения пространственных контактов между регуляторными элементами могут приводить к развитию заболеваний, даже если сами регуляторные элементы и кодирующие участки генома сохраняются неизменными, при чем патологический фенотип, сопровождающий хромосомную перестройку, является следствием нарушений промотор-энханесрных взаимодействий. В связи с этим исследование нарушений трехмерной организации в перестроенных геномах представляет значительный интерес.
Нами был разработан алгоритм для предсказания трехмерных контактов хроматина в нормальных клетках и клетках с хромосомными перестройками на основе доступных эпигенетических данных. Для этого мы используем методы, основанные на алгоритмах машинного обучения.