icg_manuriddinov_202209.pdf

• Нуридинов Мирослав Абдурахимович, аспирант, м.н.с., Институт Цитологии и Генетики СО РАН
• Фишман Вениамин Сергеевич, канд. биол. наук, в.н.с. Институт Цитологии и Генетики СО РАН

Проводится разработка программного обеспечения для моделирования данных 3D геномики с предопределёнными хромосомными перестройками. В основе данного ПО лежит использование алгоритма перекартирования пространственных контактов с референсного генома на геном, несущий перестройки.

Использование в качестве списка заранее предопределённых перестроек карт синтении позволяет проводить межвидовое сравнение архитектуры хроматина на уровне отдельных контактов. Исследование, проведённое на разных видах позвоночных и комарах рода Anopheles, показало, что внутри указанных таксономических групп наблюдается высокая консервативность архитектуры хроматина. Во всех случаях, большая консервативность наблюдается для наиболее сильных и наиболее слабых контактов, что соответствует представлениям о механизмах формирования пространственной организации хроматина.

В текущий момент проводится расширения данного алгоритма для моделирования пространственной организации хроматина с заранее определёнными пользователем хромосомными перестройками. Первичные результаты показывают, что достигается высокое сходство модели и реальных перестроек для разных типов данных 3D-геномики.

• РНФ №21-14-00182 «Механизмы хромосомной пластичности малярийных комаров», 2021-2023, руководитель - Коханенко А.А.
• РНФ №21-65-00017 «Патогенетика наследственных форм умственной отсталости: клеточные, молекулярные и онтогенетические аспекты», 2021-2023, руководитель - Лебедев Игорь Николаевич

• Miroslav Nuriddinov, Veniamin Fishman. C-InterSecture—a computational tool for interspecies comparison of genome architecture// Bioinformatics. – 2019. – V. 35. – I. 23. – P. 4912–4921. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz415
• Varvara Lukyanchikova, Miroslav Nuriddinov, Polina Belokopytova, Jiangtao Liang, Maarten J.M.F. Reijnders, Livio Ruzzante, Robert M. Waterhouse, Zhijian Tu, Igor V. Sharakhov, Veniamin Fishman. Anopheles mosquitoes revealed new principles of 3D genome organization in insects // Nature Communications – 2022. – V. 13. – I. 1 – P. 1960. https://doi.org/10.1038/s41467-022-29599-5. https://doi.org/10.1038/s41467-022-29599-5
• Nuriddinov M., Mozheiko E., Fishman V. Simulating of 3D genome data with predefined chromosomal rearrangements // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022): The Thirteenth International Multiconference (04–08 July 2022, Novosibirsk, Russia); Abstracts / Institute of Cytology and Genetics, the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences. - 2022. – P. 122.