nsu_knostroverkhii_202206.pdf

• Островерхий К.Н., ФЕН, кафедра молекулярной биологии, 4-й курс

Ресурсы Информационно-вычислительного центра Новосибирского государственного университета были использованы для проведения анализа данных экспериментов по полногеномному захвату конформации хромосом (Hi-C) в эмбриональных стволовых клетках (ЭСК) мыши, у которых деградировали субъединицы белковых комплексов когезина и конденсина. В результате анализа были получены следующие сведения. Во-первых, деградация когезинового комплекса приводит к изменению важных характеристик трехмерной организации генома ЭСК мыши: зависимости частоты контактов хроматина от геномного расстояния, силы компартментализации, инсуляции ТАДов и частоты контактов оснований хроматиновых петель. Причем наблюдается зависимость выраженности эффектов от фазы клеточного цикла. Во-вторых, деградация конденсиновых комплексов также приводит к изменению некоторых характеристик: силы компартментализации и частоты контактов оснований хроматиновых петель. Причем наблюдаются также изменения специфичные фазам клеточного цикла. В-третьих, величина эффектов, наблюдаемых при деградации конденсиновых комплексов мала по сравнению с эффектами деградации белков когезинового комплекса. Таким образом, когезин является основным фактором, определяющим укладку хроматина ЭСК мыши в интерфазе.