"Компьютерная аннотация белковых последовательностей растений на основе гомологии". Евгений Владиславович Малюгин, магистратура НГУ, 28.6.2022
Состав коллектива
- Афонников Дмитрий Аркадьевич, к.б.н., в.н.с. Института Цитологии и Генетики СО РАН
- Генаев Михаил Александрович, к.б.н., с.н.с. Института Цитологии и Генетики СО РАН
- Пронозин Артем Юрьевич, м.н.с. Института Цитологии и Генетики СО РАН
- Малюгин Евгений Владиславович, магистратура НГУ
Аннотация
С помощью БД OrthoDB и с использованием программы USEARCH нами был разработан метод аннотации функций генов белковых последовательностей, который при k =4 ближайших гомологов имеет высокую точность как для молодых генов, так и для более старых генов. Верификация нашего метода с классической и широко используемой программой Blast2GO показала, что помимо высокой скорости аннотации предложенный нами метод по точности превосходит Blast2GO на величину до 18%.
Источники финансирования
Разработка алгоритмов финансировалась Курчатовским геномным центром Института Цитологии и Генетики СО РАН, соглашение с Министерством образования и науки Российской Федерации № 075-15-2019-1662