source /opt/shared/anaconda/anaconda3-2020/bin/activate
export PATH=/opt/shared/anaconda/anaconda2/bin:$PATH
export PATH=/opt/shared/anaconda/anaconda3/bin:$PATH
source activate test_env
После выполнения этой команды изменится приглашение к вводу команд, оно будет отображать название текущего окружения:
(test_env) clu:~ #
source deactivate
mpi-selector --unset
Затем разорвите SSH-соединение с интерфейсным сервером и подключитесь заново.
#!/bin/bash #PBS -l select=3:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=1gb,place=scatter #PBS -l walltime=0:01:00 cd $PBS_O_WORKDIR source /opt/shared/anaconda/anaconda3-2020/bin/activate echo -n 'mpiexec = ' which mpiexec echo MPI_NP=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{ print $1 }') mpiexec -hostfile $PBS_NODEFILE -np $MPI_NP $PBS_O_WORKDIR/mpitest.py
#!/opt/shared/anaconda/anaconda3-2020/bin/python from mpi4py import MPI as mpi import socket comm_world = mpi.COMM_WORLD r = comm_world.Get_rank() s = comm_world.Get_size() str='mpi proc '+str(r)+' of '+str(s)+' run on '+socket.gethostname() print(str)
chmod u+x mpitest.py
qsub submit.sh
mpiexec = /opt/shared/anaconda/anaconda3-2020/bin/mpiexec mpi proc 1 of 6 run on cn243 mpi proc 0 of 6 run on cn243 mpi proc 3 of 6 run on cn204 mpi proc 5 of 6 run on cn205 mpi proc 2 of 6 run on cn204 mpi proc 4 of 6 run on cn205