В настоящей работе проведена сборка геномов клеточных органелл, пластид и митохондрий, исходя из данных высокопроизводительного секвенирования ДНК, у 27 образцов гороха (род Pisum) в результате чего анализируемая выборка была расширена до 91 образца.. Проведен филогенетический анализ реконструированных нуклеотидных последовательностей, построены филогенетические деревья полных пластидных геномов и полных митохондриальных геномов диких представителей и культурных образцов гороха. Филогенетическое дерево, построенное на основе пластидных геномов, значительно отличалось от дерева, построенного на основе митохондриальных геномов. Полученные результаты свидетельствуют о том, что в ходе эволюции гороха клеточные органеллы наследовались дискордантно. Происхождение хлоропластных геномов культурного гороха в ходе его доместикации восходит к диким образцам Причерноморья, тогда как митохондриальные геномы имеют множественные источники происхождения - Юго-Восточная Европа и Западная Азия.