В настоящей работе проведена сборка геномов клеточных органелл, пластид и митохондрий, исходя из данных высокопроизводительного секвенирования ДНК, у 26 образцов гороха (род Pisum) в результате чего анализируемая выборка была расширена до 64 образцов.. Проведен филогенетический анализ реконструированных нуклеотидных последовательностей, построены филогенетические деревья полных пластидных геномов и полных митохондриальных геномов. Филогенетическое дерево, построенное на основе пластидных геномов, значительно отличалось от дерева, построенного на основе митохондриальных геномов. Полученные результаты свидетельствуют о том, что в ходе эволюции гороха клеточные органеллы наследовались дискордантно. У одного образца, происходящего из Турции, был обнаружен митохондриальный геном, несущий вставку около 13 тыс. нуклеотидов, характерную для отдаленных представителей рода, что свидетельствует о рекомбинации между митохондриальными геномами. Кроме того, сборка нуклеотидной последовательности ранее неидентифицированного ядерного гена у 20 образцов из публичных баз данных позволила идентифицировать последовательность из референсного генома гороха как ген альбумина семядолей, являющийся удобным маркером для филогенетических исследований.