В рамках проекта был проведён комплексный анализ пространственной организации хроматина и эпигенетического ландшафта в ооцитах курицы на стадии ламповых щёток с применением технологий одноклеточного секвенирования. Сравнение двух протоколов single-cell Hi-C (PCR- и MDA-основанного) показало преимущество PCR-подхода по количеству достоверных контактов и равномерности покрытия. Для анализа ДНК-метилирования была реализована модифицированная скрытая марковская модель (HMM), учитывающая глубину покрытия и расстояние между CpG-сайтами. Получено более 69% покрытия генома по CpG-позициям, что позволило сегментировать метилом на гипо-, интер- и гиперметилированные области. Установлено, что уровни метилирования в ооцитах сопоставимы с соматическими клетками курицы и значительно превышают уровни в сперматозоидах. Выделены сотни ооцит-специфичных гипометилированных регионов, включая промоторы генов NKX2-6 и TET2. Полученные данные свидетельствуют о сохранении соматического паттерна метилирования в диплотенных ооцитах и указывают на возможную роль иных эпигенетических механизмов в формировании ламповых щёток. Работа выполнена с использованием вычислительного кластера НГУ
Грант РНФ 22-14-00247 «Разработка новых подходов для исследования механизмов пространственной организации хроматина и их функционального значения в регуляции генной экспрессии у животных», 2022-2024, рук. Фишман В.С.