Эпистаз – феномен, при котором эффект мутации гена определяется генетическим контекстом. В процессе эволюции белков также наблюдается сходный феномен: известно, что влияние одиночных замен аминокислот на стабильность и функцию белка (и, следовательно, их вклад в приспособленность организма) не всегда является аддитивным.
Одна из математических моделей, которая позволяет описать влияние контекста на эффект от замены аминокислоты в белке основана на понятии гиперкуба в многомерном пространстве, в котором вершинами являются последовательности белка, а ребра соответствуют одиночным аминокислотным заменам. Такая модель реализована в программе HypercubeME [1]. Она позволяет на основе модели гиперкуба и набора последовательностей мутантных белков оценить число последовательностей, в которых может наблюдаться неаддитивный эффект мутаций.
Настоящая работа посвящена оценке влияния контекста на изменение стабильности белков в результате аминокислотных замен для последовательностей семейств гемоглобинов и миоглобинов позвоночных, а также белков вируса гриппа А – гемагглютининов, нейраминидаз и нуклеопротеинов на основе использования алгоритма HypercubeME.