, , , ,

"Моделирование 3D геномных данных с предопределёнными хромосомными перестройками". Мирослав Абдурахимович Нуриддинов, ИЦиГ СО РАН, 20.9.2022

icg_manuriddinov_202209.pdf

Состав коллектива

Аннотация

Проводится разработка программного обеспечения для моделирования данных 3D геномики с предопределёнными хромосомными перестройками. В основе данного ПО лежит использование алгоритма перекартирования пространственных контактов с референсного генома на геном, несущий перестройки.

Использование в качестве списка заранее предопределённых перестроек карт синтении позволяет проводить межвидовое сравнение архитектуры хроматина на уровне отдельных контактов. Исследование, проведённое на разных видах позвоночных и комарах рода Anopheles, показало, что внутри указанных таксономических групп наблюдается высокая консервативность архитектуры хроматина. Во всех случаях, большая консервативность наблюдается для наиболее сильных и наиболее слабых контактов, что соответствует представлениям о механизмах формирования пространственной организации хроматина.

В текущий момент проводится расширения данного алгоритма для моделирования пространственной организации хроматина с заранее определёнными пользователем хромосомными перестройками. Первичные результаты показывают, что достигается высокое сходство модели и реальных перестроек для разных типов данных 3D-геномики.

Грантовая поддержка

Публикации