Проводится разработка программного обеспечения для моделирования данных 3D геномики с предопределёнными хромосомными перестройками. В основе данного ПО лежит использование алгоритма перекартирования пространственных контактов с референсного генома на геном, несущий перестройки.
Использование в качестве списка заранее предопределённых перестроек карт синтении позволяет проводить межвидовое сравнение архитектуры хроматина на уровне отдельных контактов. Исследование, проведённое на разных видах позвоночных и комарах рода Anopheles, показало, что внутри указанных таксономических групп наблюдается высокая консервативность архитектуры хроматина. Во всех случаях, большая консервативность наблюдается для наиболее сильных и наиболее слабых контактов, что соответствует представлениям о механизмах формирования пространственной организации хроматина.
В текущий момент проводится расширения данного алгоритма для моделирования пространственной организации хроматина с заранее определёнными пользователем хромосомными перестройками. Первичные результаты показывают, что достигается высокое сходство модели и реальных перестроек для разных типов данных 3D-геномики.