, , , ,

"Моделирование структуры некоторых рецептор-связывающих белков бактериофагов". Иван Константинович Байков, ИХБФМ СО РАН, 10.4.2024

icbfm_nsu_ikbaykov_202404.pdf

Состав коллектива

Аннотация

Данное исследование направлено на изучение пространственной структуры некоторых белков бактериофагов методами нейросетевого моделирования в сочетании с методами молекулярной динамики. В рамках проекта были исследованы предполагаемые пространственные структуры некоторых фаговых белков, гены которых обнаруживаются в DGR-кассетах бактериофагов, населяющих кишечник человека. Изучение таких генов позволяет раскрыть особенности узнавания фагами бактерий, а также особенности приспособления фагов к динамичному молекулярному составу бактериальной поверхности. В рамках исследования было показано, что некоторые из генов в составе DGR-кассет кодируют новый класс белков, названных тентаклинами. Такие белки содержат N-концевой лектиновый домен C-типа, за которым следуют один или несколько иммуноглобулин-подобных доменов. Лектиновый домен, предположительно участвующий в связывании с рецепторами на поверхности бактерий, содержит характерную бета-шпильку, которая подвергается активному мутагенезу под действием DGR-системы фага.

Помимо исследования структуры тентаклинов в рамках данного проекта была исследована пространственная структура рецептор-связывающих белков бактериофага StenM_174, поражающего бактерии рода Stenotrophomonas. Было показано, что белок gp43 с высокой достоверностью формирует гомотримерный белок хвостового шипа, который содержит домен ветвления и рецептор-связывающий домен. Также было показано, что белок gp44 является рецептор-связывающим белком с нехарактерным типом стыковки с белком gp43. Было показано, что белки gp45 и gp46 фага StenM_174 не являются белками хвостовых шипов.

Финансовая поддержка

Публикации и конференции