nsu_icg_bionet_eeelgaeva_201807.pdf

• Елгаева Елизавета Евгеньевна (владелец учетной записи, проводивший работу на кластере); место работы: Лаборатория компьютерной транскриптомики и эволюционной биоинформатики НГУ, лаборант-исследователь; место учебы: ФЕН НГУ, кафедра информационной биологии, 4 курс, группа 14412, обучение закончено 25.06.2018; с помощью ИВЦ НГУ выполнялась дипломная работа, которую планируется продолжить и довести до публикации во время обучения в магистратуре
• Миронова Виктория Владимировна (руководитель); место работы: ИЦиГ СО РАН, к. б. н., в. н. с. Сектора системной биологии морфогенеза растений, заведующая Лабораторией компьютерной транскриптомики и эволюционной биоинформатики НГУ
• Землянская Елена Васильевна (соруководитель); место работы: ИЦиГ СО РАН, к. б. н., с. н. с. Сектора системной биологии морфогенеза растений, заведующая Лабораторией компьютерной транскриптомики и эволюционной биоинформатики НГУ
• Лашин Сергей Александрович (соруководитель); место работы: ИЦиГ СО РАН, к. б. н., в. н. с. Сектора компьютерного анализа и моделирования биологических систем, Лаборатория транскриптомики растений, с. н. с Лаборатории компьютерной транскриптомики и эволюционной биоинформатики НГУ
• Новикова Дарья Дмитриевна (экспериментатор); место работы: ИЦиГ СО РАН, Сектор системной биологии морфогенеза растений, инженер; место учебы: ИЦиГ СО РАН, окончила 3 курс аспирантуры
• Мухин Алексей Максимович (программист-консультант); место работы: ИЦиГ СО РАН, научно-образовательный отдел, лаборант; место учебы: ФИТ НГУ, кафедра систем информатики, группа 17227, окончил 1 курс магистратуры

'Салициловая кислота (СК) — это гормон стресса растений, являющийся также регулятором морфогенеза, то есть процессов роста и развития растений. В большинстве научных работ, посвященных изучению эффектов действия СК на растения, использовались высокие концентрации СК (>100 мкмоль/л) и исследовалось влияние СК на наземные части растений и, преимущественно, при длительной обработке (>12 часов). Это привело к тому, что на данный момент ранний (<1 часа обработки) транскрипционный ответ на СК недостаточно изучен. Еще меньше сведений о действии низких концентрациях СК, особенно мало известно об эффектах в корнях растений.

В рамках данной работы изучались изменения транскриптома в раннем и позднем ответе на низкие концентрации СК в корнях A. thaliana. С помощью вычислительных мощностей ИВЦ НГУ был проведен биоинформатический анализ данных РНК-секвенирования, полученных на платформе Illumina-HiSeq4000 (BGI Tech, Hong Kong). В результате было выявлено значительное количество дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) в раннем и позднем транскрипционном ответе. Результаты функциональной аннотации ДЭГ хорошо согласуются с литературными данными и будут использованы в дальнейшей работе.'

• Материалы 56-й Международной научной студенческой конференции МНСК-2018: Биология/ Новосибирский Государственный Университет, Новосибирск, 2018, 202 с. (Доклад по данной теме занял первое место в секции «Биоинформатика».)
• К публикации в сборнике материалов конференции BGRS\SB’2018, которая пройдет в августе 2018 года, также приняты тезисы по данной работе. Сборнику присваивается индекс ISBN, по окончании мероприятия он будет размещен в РИНЦ.
• Ведется работа по написанию статьи в научный журнал на основе проделанного исследования.