Картофель Solanum tuberosum является одной из важнейших сельскохозяйственных культур и используется для употребления в пищу, а также для использования в промышленности (получение спирта и крахмала). Культурный картофель является тетраплоидом, размножается вегетативно (клубнями), сильно подвержен заболеваниям и воздействию вредителей. Для создания новых устойчивых сортов требуется изучение генетики картофеля на уровне генома и пан-генома. При этом сборка последовательностей до уровня хромосом требует больших затрат на секвенирование (необходимо реализовать высокое покрытие за счет длинных прочтений, что высокозатратно). Использование коротких парных прочтений не позволяет реконструировать полный геном, однако позволяет получить фрагменты, содержащие последовательности белок-кодирующих генов, провести на этой основе аннотацию функций генов и сравнительный геномный анализ. В проекте мы провели сборку и анализ геномов картофеля на основе коротких прочтений для 15 сортов картофеля, произрастающих в России. Проведена реконструкция и анализ генетической изменчивости плистидного генома картофеля, на основе in silico анализа проведена классификация полученных пластидных ДНК на несколько типов.