Работа поддержана грантом РНФ 18-74-00052 «Использование молекулярной динамики для предсказания функциональности встречающихся в раковых опухолях вариантов белков, отвечающих за устойчивость к химиотерапии» (2018–2020 гг.), руководитель – Попов Александр Викторович.
В рамках работы выполнялось моделирование структур мутантных вариантов двух белков системы эксцизионной репарации оснований ДНК – 8-оксогуанин-ДНК-гликозилазы OGG1 и урацил-ДНК-гликозилазы UNG – методом молекулярной динамики (МД), который до сих пор крайне редко использовался для предсказания эффекта мутаций. Проведено исследование влияния мутаций, встречающихся в клинических образцах в генах OGG1 и UNG, на конформацию активного центра этих белков. Для автоматизации молекулярно-динамического исследования создан конвейер задач от получения списка соматических мутаций и случайного выбора из него до итогового моделирования и анализа полученных траекторий.