В работе рассматривается математическая модель движения многокомпонентной вязкой несжимаемой среды, у которой вязкость и плотность зависят от концентрации компонент. Модель описывается трёхкомпонентной системой дифференциальных уравнений Навье-Стокса с переменной вязкостью и плотностью, где три компоненты среды представляют собой воздух, воду и связный грунт соответственно. Решение получено при помощи конечно-разностного численного алгоритма, основанного на схеме расщепления по физическим факторам и методе предиктор–корректор. Проведены численные расчеты по определению картины течения в пруду-отстойнике, а также картины воздействия поверхностных волн на полупогруженное препятствие и связный грунт на дне.