Работа поддержана грантом РНФ №14-44-00068 «Новое поколение РНК-направленных агентов на основе производных олигонуклеотидов – платформа для создания инновационных терапевтических препаратов»
Разработка агентов, сопособных направленно, специфично, селективно и эффективно воздействовать на целевые нуклеиновые кислоты (НК) является актуальной задачей для разработки терапевтических агентов, в том числе и для нужд персонализированной медицины. Проведено исследование взамодействия пептида находящиегося в составе конъюгата ДНК с целевой РНК при формировании ДНК/РНК комплекса. Собраны молекулярные модели РНК с олигодезокрибонуклеотид-пептидным конъюгатов и проведено моделирование методом молекулярной динамики. Показано сильное взаимодействие положительно заряженного пептида с отрицательно заряженным рибозофосфатным остовом НК, а так же формирование сети водородных связей НК-пептид. Это не позволяет эффективно покрыть конформационное пространтсво. Для решения данной проблемы был использован метод отжига (simulation annealing). С ипользованием этого подхода для ряда конъюгатов показана возможность и предложены вероятные молекулярные механизмы расщепления РНК. Полученные результаты хорошо согласуются с экпериментально полученными данными об эффективности расщепления РНК и показывают его возможный молекулярный механизм.