Одним из применений массового параллельного секвенирования (NGS) является поиск патогенных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 у пациенток с диагнозом «рак яичников» при помощи таргетного секвенирования. Особенностью этих генов является высокая частота патогенных мутаций, приводящих к сдвигу рамки считывания, из-за чего их выявление осложняется при использовании технологий секвенирования без терминирующих нуклеотидов. Примером такой технологии является технология секвенирования с протяженными прочтениями Oxford Nanopore, качество секвенирования которой за последние годы было значтельно улучшено. Однако выявление инсерций и делеций до сих пор остается проблемной областью. Целью работы стала отработка подходов к полногеномному секвенированию образцов ДНК из лейкоцитов крови пациента с 9 ранее выявленными вариациями (в том числе 1 патогенной) в генах BRCA1 и BRCA2 с помощью технологии Oxford Nanopore. ДНК была выделена стандартным фенол-хлороформным методом. Концентрация составила 91 нг/мкл, соотношения A260/A280 и A260/A230 – 1,85 и 2,29, соответственно. Все фрагменты в образце имели длину значительно превышающую 3000 п.о. Всего при секвенировании в течение 48 часов было получено 4,12 миллиона прочтений с суммарной длиной прочтений 15,8 миллиардов п.о. С помощью ROC-анализа были определены оптимальные параметры выявления точечных вариаций программой Pisces: минимально допустимое качество прочитанного основания – 6, минимальное качество варианта – 2; минимальное покрытие – 4. Важным результатом стало верное определение для исследуемого образца клинически значимой мутации в гене BRCA1 c.5266dup. Для поиска структурных вариантов была использована программа NanoVar, в которой прочтения предполагаемой перестройки прочтения снова выраниваются на референс с помощью собственного улучшенного авторами программы алгоритма blastn. Таким образом, в работе были отработаны методики выявления герминальных точечных и протяженных вариантов в ДНК, выделенной из лейкоцитов крови.